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甘蔗耐寒相关miRNAs 的生物信息学分析及其靶基因预测

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为了解不同基因型甘蔗(Saccharum officinarum)响应低温胁迫的分子机制,挖掘耐寒相关的 miRNA及相关靶基因,该文以低温胁迫4 ℃处理 24 h 后的3个不同耐寒性甘蔗品种的叶片为材料进行Illumina HiSeqTM2000 高通量测序,构建18 个低温胁迫前后sRNA文库。结果表明(:1)共获得分属于84个家族的已知miRNA 322个及预测得到110个新miRNA,并在已知 miRNAs中筛选出差异表达miRNA100个(61个上调,39个下调),新miRNA中筛选出差异表达 miRNA37(15个上调, 22 个下调)。(2)利用 psRNATarget、TargetFinder 和Tapirhybrid软件对所获得的差异表达miRNA进行靶基因预测,预测得到1844个靶基因并进行GO 分析揭示了这些靶基因的3个主要功能类别,即分子功能、细胞组分与生物过程。(3)为验证高通量测序数据的可靠性,筛选 14 个miRNA 及其靶基因进行qRT-PCR 验证,表明这些 miRNA 均被检测发现且大部表达结果与测序结果一致。(4)还鉴定出部分差异表达miRNA的靶基因,这些基因参与植物生长、发育及低温胁迫反应。综上结果表明,耐寒型甘蔗体内 miRNA 直接或者间接作用靶基因实现表达调控相关代谢途径,对其重要农艺性状均起着关键的调控作用。
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Recommended references: 朱鹏锦,宋奇琦,谭秦亮,程 琴,李佳慧,庞新华,周全光,吕 平,欧克纬,卢业飞,农泽梅,唐桓伟,龙盛风.(2021).甘蔗耐寒相关miRNAs 的生物信息学分析及其靶基因预测.广西植物.[ChinaXiv:202107.00047] (Click&Copy)
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[V1] 2021-07-20 19:58:15 chinaXiv:202107.00047V1 Download
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