大粒香水稻叶绿体基因组特征分析

摘要: 大粒香作为贵州重要的优质稻资源，推广种植面积大，且在乡村振兴过程中为社会带 来了较高的经济效益，但目前对大粒香基因组学理论研究报道不多。为了揭示大粒香水稻叶 绿体基因组特征及系统发育关系，该文对大粒香叶绿体进行测序，分析其基因组特征。结果 表明：（1）大粒香水稻 cpDNA 全长 134 563 bp，包括一个 LSC（80 864 bp），一个 SSC （12 347 bp）和两个 IRs（20 676 bp）。（2）注释到 129 个基因，可分为蛋白编码、tRNA 和 rRNA 三类基因，数量分别为 85 个、36 个和 8 个。（3）密码子偏好分析显示，大粒香 cpDNA 密码子偏好 A 碱基或者 U（T）碱基，亮氨酸密码子使用了 1 944 次，最多；半胱氨 酸的密码子仅使用 198 次，最少。（4）检测到 129 个 SSR，其中有 95 个单核苷酸重复，且 大部分 SSR 序列由 A/T 碱基组成。（5）系统发育分析结果表明，大粒香与热带粳稻亲缘关 系最近聚为一类。该研究揭示了大粒香叶绿体基因组信息，并确定了大粒香系统发育所属分 支。