基于转录组测序的枫香EST-SSR 引物开发及有效性评价

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2022-07-05 合作期刊: 《广西植物》

李辉 冯源恒 唐生森 杨章旗

摘要： 枫香是广西重要的乡土树种之一，有着较高的用材、观赏及药用价值，该文基于枫香转录组测 序结果进行 EST-SSR 引物开发，可为枫香群体遗传学研究的开展提供有效、可靠的分子标记工具，对于 该树种的保护、开发和利用有着重要的意义。研究基于转录组测序技术，检测枫香 SSR 位点并设计引物， 通过 PCR 扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选出具有较高多态性的枫香 EST-SSR 引物，并通过对 1 个枫香天 然群体进行遗传多样性分析验证这些 SSR 引物实际应用效果。结果表明：（1）基于转录组测序得到的枫 香 SSR Unigene 中共发掘到 23 777 个 SSR 位点，单核苷酸重复类型 SSR 位点占总位点比例最高 （46.54%）。重复次数上，5~12 次之间的 SSR 位点占比最高（72.36%）。（2）共开发出 262 对 SSR 引 物，有效扩增率为 53.1%，最终筛选出扩增稳定、条带清晰的引物 18 对。（3）多态性检测结果表明，所 有位点均具有多态性；天然群体遗传多样性结果显示，该天然群体中等位基因数量（Na）、有效等位基 因数量（Ne）、Shonnon 信息指数（I）、观察杂合度（Ho）变化范围分别为 2~4、1.112 8~2.609 6、 0.208 9~1.112 7 和 0.275 9~1.000 0，平均值分别为 2.333 3、1.957 4、0.708 5 和 0.722 6。综上所述，在枫 香中占优势的 SSR 位点重复类型和重复基序与其他物种基本相同；本研究所开发的 18 对枫香 EST-SSR 引物可以满足开展枫香群体遗传学研究的需要，为后续枫香种群遗传多样性研究提供了丰富的标记引物。

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