分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2022-08-05 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 本研究利用GenBank 数据库已公开发表的玄参科及相关类群的107 属129 个物种的质体基因组数据对广义玄参科的系统发育关系进行了分析。利用蛋白质 编码基因，我们构建了矩阵，并采用最大似然法及贝叶斯推断重建系统发育树。 基于两种分析方法，我们获得了拓扑结构完全一致的系统发育树，系统发育树的 分辨率及支持率高。在ML 树中，总分支数为129 个，其中支持率70%的分支 数目为123 个。系统发育树结果表明，（1）广义玄参科不是一个单系类群，隶属 于广义玄参科的51 个物种（37 属）分散于列当科、泡桐科、美丽桐科、通泉草 科、母草科、狭义玄参科和车前科。（2）狭义玄参科为单系类群，除原隶属于广 义玄参科的Bontia 、Calamphoreus 、Diocirea 、Eremophila 、Glycocystis 、 Leucophyllum、玄参属和毛蕊花属外，还包括了原隶属于马钱科的醉鱼草属和原 隶属于苦槛蓝科的苦槛蓝属。（3）唇形目为一个单系，目下共形成了14 个支持 率高的单系分支，对应于14 个科（其中美丽桐科和胡麻科仅包括一个物种，不 包括在内），科间关系得到较好的解决，木犀科为最早分化出来的类群，其余的 类群共同组成核心唇形目，在核心唇形目中，类群分化的次序依次为苦苣苔科、 车前科、玄参科和母草科，其余的科聚成两个大的分支，其中一个大分支包括5 个科，紫葳科、马鞭草科和胡麻科形成中等支持率的一个亚支，其中紫葳科、马 鞭草科为姐妹群；爵床科和狸藻科亦形成中等支持率的一个亚支；另一个大分支 包括了6 个科，类群分化的次序依次为唇形科、通泉草科、美丽桐科+透骨草科， 泡桐科和列当科为姐妹群，为较进化的类群。我们的研究结果表明，传统意义上 的玄参科不是一个自然类群，其包括的种属分散于唇形目；质体基因组适用于解 决广义玄参科的系统发育关系，有待于扩大样本进一步研究。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2019-10-17 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 该研究基于叶绿体基因组数据，对桃金娘目（6科44属97种）及其近缘类群（牻牛儿苗目2科5属25种）的系统发育关系进行了分析。结果表明：（1）桃金娘目基因组大小为15.2~17.1 kb，包括的蛋白质编码基因数目为74~90个，牻牛儿苗目基因组大小为11.6~24.2 kb，包括的蛋白质编码基因数目为75~132个；（2）对比叶绿体基因组序列和蛋白质编码基因所构建的系统发育树结果，在目间及牻牛儿苗目内差异显著，桃金娘目内基本一致；（3）基于蛋白质编码基因所构建的系统发育树表明，桃金娘目和牻牛儿苗目均为单系，为姐妹类群；桃金娘目内形成两个大支，桃金娘科、Vochysiaceae、野牡丹科形成一支，其中桃金娘科和Vochysiaceae关系较近是姐妹群，柳叶菜科、千屈菜科和使君子科形成另一支，其中柳叶菜科和千屈菜科关系较近为姐妹群；科级水平，桃金娘科、Vochysiaceae、野牡丹科、柳叶菜科、千屈菜科、使君子科和牻牛儿苗科均为单系（仅包括一个物种的科除外）；（4）支持将石榴属及菱属置于千屈菜科；（5）对蛋白质编码基因序列变异分析的结果表明，野牡丹科19个属的共享变异基因数目为53个，变异百分数范围为5.84%~29.53%，桃金娘科9个属的共享变异基因数目为57个，其变异百分数范围为1.31%~15.78%。本研究结果为进一步研究桃金娘目及相关科属的系统发育提供了理论依据。
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