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  • 利用全基因组数据解码新型肺炎冠状病毒的进化和传播

    分类: 生物学 >> 病毒学 分类: 生物学 >> 生物进化论 分类: 生物学 >> 遗传学 提交时间: 2020-02-21

    摘要:Background. The outbreak of COVID-19 started in mid-December 2019 in Wuhan, Central China. Up to February 18, 2020, SARS-CoV-2 has infected more than 70,000 people in China, and another 25 countries across five continents. In this study, we used 93 complete genomes of SARS-CoV-2 from the GISAID EpiFluTM database to decode the evolution and human-to-human transmissions of SARS-CoV-2 in the recent two months. Methods. Alignment of coding-regions was conducted haplotype analyses using DnaSP. Substitution sites were analyzed in codon. Evolutionary analysis of haplotypes used NETWORK. Population size changes were estimated using both DnaSP and Arlequin. Expansion date of population size was calculated based on the expansion parameter tau (τ) using the formula t=τ/2u. Findings. Eight coding-regions have 120 substitution sites, including 79 non-synonymous and 40 synonymous substitutions. Forty-two non-synonymous substitutions changed the biochemical property of amino acids. No evident combination was found. Fifty-eight haplotypes were classified as five groups, and 31 haplotypes were found in samples from both China and other countries, respectively. The rooted network suggested H13 and H35 to be ancestral haplotypes, and H1 (and its descendent haplotypes including all samples from the Hua Nan market) was derived H3 haplotype. Population size of SARS-CoV-2 were estimated to have a recent expansion on 6 January 2020, and an early expansion on 8 December 2019. Interpretation. Genomic variations of SARS-CoV-2 are still low in comparisons with published genomes of SARS-CoV and MERS-CoV. Phyloepidemiologic analyses indicated the SARS-CoV-2 source at the Hua Nan market should be imported from other places. The crowded market boosted SARS-CoV-2 rapid circulations in the market and spread it to the whole city in early December 2019. Furthermore, phyloepidemiologic approaches have recovered specific direction of human-to-human transmissions, and the import sources of international infectious cases.

  • Effective Treatment of Severe COVID-19 Patients with Tocilizumab

    分类: 医学、药学 >> 临床医学 提交时间: 2020-03-05

    摘要: Background: In December 2019, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) was identified in Wuhan, China, which spread rapidly and has become a world-wide public health challenge. We aimed to assess the efficacy of tocilizumab in severe patients with Corona Virus Disease-19 (COVID-19) and seek a new therapeutic strategy. Methods: The patients diagnosed as severe or critical COVID-19 in The First Affiliated Hospital of University of Science and Technology of China (Anhui Provincial Hospital) and Anhui Fuyang Second People’s Hospital were given tocilizumab in addition to routine therapy between February 5 and February 14, 2020. The changes of clinical manifestations, CT scan image, and laboratory examinations were retrospectively analyzed. Findings: Within a few days, the fever returned to normal and all other symptoms improved remarkably. Fifteen of the 20 patients (75.0%) had lowered their oxygen intake and one patient need no oxygen therapy. CT scans manifested that the lung lesion opacity absorbed in 19 patients (90.5%). The percentage of lymphocytes in peripheral blood, which decreased in 85.0% patients (17/20) before treatment (mean, 15.52 ± 8.89%), returned to normal in 52.6% patients (10/19) on the fifth day after treatment. Abnormally elevated C-reactive protein decreased significantly in 84.2% patients (16/19). No obvious adverse reactions were observed. Nineteen patients (90.5%) have been discharged on average 13.5 days after the treatment with tocilizumab and the rest are recovering well. Interpretation: Tocilizumab is an effective treatment in severe patients of COVID-19, which provided a new therapeutic strategy for this fatal infectious disease.

  • Furin, a potential therapeutic target for COVID-19

    分类: 医学、药学 >> 药学 提交时间: 2020-02-23

    摘要:A novel coronavirus (SARS-CoV-2) infectious disease has broken out in Wuhan, Hubei Province since December 2019, and spread rapidly from Wuhan to other areas, which has been listed as an international concerning public health emergency. We compared the Spike proteins from four sources, SARS-CoV-2, SARS-CoV, MERS-CoV and Bat-CoVRaTG13, and found that the SARS-CoV-2 virus sequence had redundant PRRA sequences. Through a series of analyses, we propose the reason why SARS-CoV-2is more infectious than other coronaviruses. And through structure based virtual ligand screening, we foundpotentialfurin inhibitors, which might be used in the treatment of new coronary pneumonia.

  • 贝叶斯因子及其在JASP中的实现

    分类: 心理学 >> 心理统计 提交时间: 2018-05-08 合作期刊: 《心理科学进展》

    摘要:统计推断在科学研究中起到关键作用,然而当前科研中最常用的经典统计方法——零假设检验(Null hypothesis significance test, NHST)却因难以理解而被部分研究者误用或滥用。有研究者提出使用贝叶斯因子(Bayes factor)作为一种替代和(或)补充的统计方法。贝叶斯因子是贝叶斯统计中用来进行模型比较和假设检验的重要方法,其可以解读为对零假设H0或者备择假设H1的支持程度。其与NHST相比有如下优势:同时考虑H0和H1并可以用来支持H0、不“严重”地倾向于反对H0、可以监控证据强度的变化以及不受抽样计划的影响。目前,贝叶斯因子能够很便捷地通过开放的统计软件JASP实现,本文以贝叶斯t检验进行示范。贝叶斯因子的使用对心理学研究者来说具有重要的意义,但使用时需要注意先验分布选择的合理性以及保持数据分析过程的透明与公开。

  • 武汉2019冠状病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点

    分类: 生物学 >> 病毒学 提交时间: 2020-02-14

    摘要:摘要:2019年12月,中国武汉报道了2019新型冠状病毒(2019 novel Coronavirus,2019-nCoV)引起的肺炎。基于基因组信息,我们前期研究结果显示2019-nCoV与SARS冠状病毒虽然同属于Beta冠状病毒B亚群(BB冠状病毒),但两种病毒差异很大,这一结果与两者临床症状差异一致。前期研究还发现了BB冠状病毒存在大量的可变翻译,并从分子水平揭示了BB冠状病毒变异快、多样性高的特点。本研究在国际上首次报道BB冠状病毒S蛋白上的一个重要突变,这个突变使2019-nCoV具有了一个可供Furin蛋白酶切的位点,是除鼠肝炎冠状病毒外所有的其它BB冠状病毒(包括SARS和SARS样(SARS-like)冠状病毒)所不具有的。这个突变有可能增强了2019-nCoV侵染细胞的效率,进而使其传播力显著大于SARS冠状病毒。由于这个突变,2019冠状病毒的包装机制也会不同于SARS等其它大部分Beta冠状病毒,而有可能与鼠肝炎冠状病毒、HIV、埃博拉病毒和一些禽流感病毒的包装机制相同。作为一个意外发现,一些禽流感病毒也可以通过突变获得Furin蛋白酶切位点。对这个重要突变的后续研究将为揭示2019-nCoV传播力强的原因,以及为药物、抗体和疫苗的开发等工作奠定基础。

  • Sharing deep generative representation for perceived image reconstruction from human brain activity

    分类: 计算机科学 >> 计算机应用技术 提交时间: 2017-05-20

    摘要:Decoding human brain activities via functional magnetic resonance imaging (fMRI) has gained increasing attention in recent years. While encouraging results have been reported in brain states classification tasks, reconstructing the details of human visual experience still remains difficult. Two main challenges that hinder the development of effective models are the perplexing fMRI measurement noise and the high dimensionality of limited data instances. Existing methods generally suffer from one or both of these issues and yield dissatisfactory results. In this paper, we tackle this problem by casting the reconstruction of visual stimulus as the Bayesian inference of missing view in a multiview latent variable model. Sharing a common latent representation, our joint generative model of external stimulus and brain response is not only ``deep" in extracting nonlinear features from visual images, but also powerful in capturing correlations among voxel activities of fMRI recordings. The nonlinearity and deep structure endow our model with strong representation ability, while the correlations of voxel activities are critical for suppressing noise and improving prediction. We devise an efficient variational Bayesian method to infer the latent variables and the model parameters. To further improve the reconstruction accuracy, the latent representations of testing instances are enforced to be close to that of their neighbours from the training set via posterior regularization. Experiments on three fMRI recording datasets demonstrate that our approach can more accurately reconstruct visual stimuli.

  • 神经科学偏见效应:可重复性及其心理机制的探索

    分类: 心理学 >> 法制心理学 分类: 心理学 >> 社会心理学 提交时间: 2019-11-05 合作期刊: 《心理科学进展》

    摘要: 神经科学的发展对其他学科以及社会产生了重要的影响。虽然神经科学方法与行为研究方法都是探索人类心理与行为的有效手段并各有所长,但神经科学的研究结果却可能引起人们过度的解读和信任。研究者发现,当某一结论使用神经科学结果作为证据时,比使用行为科学结果或者心理生理学指标作为证据时更加让人信服,即使神经科学结果与该结论之间毫无关系,这种现象被称为神经科学偏见(neuroscience bias)。通过系统回顾近年来关于神经科学偏见的研究,我们发现:(1)虽然神经科学偏见存在可重复性的争论,但该效应确实存在;(2)神经科学偏见的产生可能是因为个体倾向于还原论的解释(即使用低层次、简单的机制来解释更高层次上的现象)及心理本质主义的影响(即人们认为心理与行为的本质是神经活动)。神经科学偏见反映了公众对科学结果解读的偏见,未来研究需要探讨这种偏见的心理机制,从而引导科学结果的正确解读和运用。

  • 生物磁受体蛋白MagR/IscA研究进展

    分类: 生物学 >> 分子生物学 提交时间: 2016-06-16

    摘要:铁硫簇蛋白是一类重要的线粒体功能蛋白,在细胞能量代谢、电子传递、底物结合与激活、铁/硫存储、酶促反应、基因表达调控等诸多过程中均发挥了关键作用. 一旦铁硫簇组装及转运过程发生障碍,必将严重影响细胞内铁的稳态及铁硫蛋白的功能. 其中,分子量约 11-kDa 的 IscA,是铁硫蛋白亚家族 hesB 之一的高保守性成员,能结合铁离子及[2Fe-2S]簇,从而参与铁硫簇蛋白的合成,因此在铁硫簇组装蛋白系统中具有重要的作用. 更值得关注的是,2015 年谢灿和张生家各自研究组分别发现了 IscA1 具有独特的磁感应(magnetic sensor,MagS)与磁受体(magnetic receptor,MagR)功能. 尤为重要的是,通过外磁场刺激相关磁基因表达,能够调控神经活动及行为定位. 鉴于磁受体的独特功能并结合相关技术,遂将其统称为磁遗传学(磁基因学). 本文简要介绍 IscA 蛋白的始初发现与鉴定历程、进化保守性及其独特的生理生物学功能,并凝练出磁遗传假说机制调控模型.

  • 我国科研人员对arXiv认知和使用的现状调查与分析

    分类: 图书馆学、情报学 >> 图书馆学 提交时间: 2016-03-14

    摘要:【目的】了解中国用户对 arXiv预印本平台的认知、使用情况以及对 arXiv发展的意见建议。【方法】基于国内 9家高校及科研机构的教师、研究人员和研究生群体的问卷调查,作者获得 510份调查数据,并运用 SPSS等分析工具对调查数据进行分析。【结果】结果表明,我国科研人员对 arXiv的认知程度还不是很高,但熟悉 arXiv的国内科研人员已认识到在 arXiv上发布论文是占据成果首发权和征求同行意见的重要手段。【局限】在调查取样上仅限于中国 arXiv服务工作组的成员单位,非成员单位的 arXiv用户没有纳入。【结论】为了让 arXiv能够更多地惠及我国科研,中国 arXiv服务工作组需要采取更为积极的行动,加快推动 arXiv在国内更广泛深入的应用。

  • 深度学习概述

    分类: 计算机科学 >> 计算机应用技术 提交时间: 2016-05-03

    摘要:深度学习是机器学习领域的一个新的研究方向,其核心思想在于模拟人脑的层级抽象结构,通过无监 督的方式从大规模数据(例如图像、声音和文本)中学习特征。近年来,深度学习在计算机视觉、语音识 别等研究领域取得的巨大成功使得研究者们对其寄予更多的关注。本文从深度学习的概念、发展历程、模 型、训练方法以及应用等几个方面对其进行概述,并对深度学习的未来发展做出展望。

  • 迁移学习研究进展

    分类: 计算机科学 >> 计算机应用技术 提交时间: 2016-05-03

    摘要:近年来,迁移学习已经引起了广泛的关注。迁移学习是运用已存有的知识对不同但相关领域问题进行求解的新的一种机器学习方法。传统机器学习基于两个基本假设:(1) 用于学习的训练样本与新的测试样本满足独立同分布的条件;(2) 必须有足够可利用的训练样本才能学习得到一个好的分类模型。迁移学习降低了要求,目的是迁移已有的知识来解决目标领域中仅有少量或没有有标签样本数据时的学习问题。本文对迁移学习算法以及相关理论研究进展进行了综述,并介绍了我们在该领域所做的研究工作,特别是利用生成模型在概念层面建立迁移学习模型。最后指出了迁移学习下一步可能的研究方向。

  • 大数据的核心问题与研究体系

    分类: 计算机科学 >> 计算机应用技术 提交时间: 2017-03-09

    摘要:

  • 政府智库成果的社会化传播问题研究

    分类: 图书馆学、情报学 >> 情报学 提交时间: 2018-10-19 合作期刊: 《智库理论与实践》

    摘要: [目的/意义]智库的社会化传播能力与国家软实力息息相关,是构建世界话语体系的重要组成部分。作为中国智库体系最为重要的组成部分,政府智库除了为党委和政府提供决策支持外,还应将调查研究、分析问题、解决问题过程中所产生的知识精华向社会传播,让人民共同分享实践探索中的新思想、新观点、新知识,增进公众对党和政府决策的理解,增强社会凝聚力。[方法/过程]本文对政府智库成果社会化传播现状与问题进行了分析研究。[结果/结论]论文在借鉴国内外智库实践经验的基础之上,提出了若干政府智库成果传播的对策建议,认为政府智库应体现作为党和人民思想高地的社会责任。

  • 知识经济环境下高校图书馆深入知识服务的思考

    分类: 图书馆学、情报学 >> 情报资料的利用 提交时间: 2019-06-27

    摘要: 阐述在新的信息和知识环境中知识服务的价值定位、本质内涵,以及对高校图书馆转型的意义。分析了在高校图书馆的视野下知识服务与泛在的学科服务的本质区别,以及当前高校图书馆为了更深入地开展知识服务,在认知、理论以及实践上所应该突破的屏障。提出了知识产品是知识服务的一种重要形式,知识产品的水平是图书馆核心价值和能力的直接体现。此外,本文从理论的角度对知识产品的概念、属性、类型和生产原则给出了较明确、系统的解释和描述。

  • 大数据可视化分析在支撑智库研究中的应用与创新

    分类: 图书馆学、情报学 >> 情报学 提交时间: 2018-10-19 合作期刊: 《智库理论与实践》

    摘要: [目的/意义]大数据环境下的智库研究旨在对海量的信息进行有效采集、处理、分析,挖掘信息中蕴含的逻辑规律,并将大量的无规则数据可视化表示,这是当今智库研究的热点。[方法/过程]文章通过分析国内外智库和大数据可视化的研究现状,整理了目前运用大数据可视化进行智库研究的相关理论,剖析大数据可视化方法在智库研究中的应用与创新。[结果/结论]结果表明:我国目前对智库研究的方法还比较单一,大数据可视化的智库研究方法发展迅速,包括支持智库大数据可视化分析的海量数据处理、可视化算法、图形可视化、人机交互、分布式处理等技术。大数据可视化分析在智库研究中的应用有助于智库数据信息直观展示、动态图形可视化对比分析、支持可视化分析的用户交互、智库数据资源集聚共享、提升智库作用和影响力。

  • 溅射Al对Si3N4润湿性的改善与钎焊

    分类: 材料科学 >> 材料科学(综合) 提交时间: 2017-11-21 合作期刊: 《金属学报》

    摘要:研究了溅射Al对Si3N4的润湿作用和Al及Al-Ni合金薄膜钎料对Si3N4陶瓷的钎焊。结果表明,高能量溅射Al粒子的直接撞击可以实现Al对Si3N4的“润湿”,使Al和Al-Ni合金薄膜熔化后即可对Si3N4陶瓷进行钎焊。所获得接头的钎缝致密饱满,与陶瓷形成无反应过渡层的良好冶金结合,纯Al钎焊接头的剪切强度为106 MPa,Al-1.0 at.% Ni亚共晶钎焊接头的强度提高到148 MPa,Al-3.0 at.% Ni接头的强度因钎缝形成共晶组织而略有降低,为132 MPa。相对于以上各接头的剪切断裂均产生于钎缝之中,当溅射Al粒子因Ni层阻挡不能直接撞击Si3N4表面时,Al-1.0 at.% Ni薄膜钎料熔化后不能润湿Si3N4,所得接头的剪切断裂发生在钎缝与陶瓷的界面,强度也降低为81 MPa。

  • Masked Sentence Model based on BERT for Move Recognition in Medical Scientific Abstracts

    分类: 计算机科学 >> 自然语言理解与机器翻译 分类: 图书馆学、情报学 >> 情报过程自动化的方法和设备 提交时间: 2019-10-29

    摘要:Purpose: Move recognition in scientific abstracts is an NLP task of classifying sentences of the abstracts into different types of language unit. To improve the performance of move recognition in scientific abstracts, a novel model of move recognition is proposed that outperforms BERT-Base method. Design: Prevalent models based on BERT for sentence classification often classify sentences without considering the context of the sentences. In this paper, inspired by the BERT's Masked Language Model (MLM), we propose a novel model called Masked Sentence Model that integrates the content and contextual information of the sentences in move recognition. Experiments are conducted on the benchmark dataset PubMed 20K RCT in three steps. And then compare our model with HSLN-RNN, BERT-Base and SciBERT using the same dataset. Findings: Compared with BERT-Base and SciBERT model, the F1 score of our model outperforms them by 4.96% and 4.34% respectively, which shows the feasibility and effectiveness of the novel model and the result of our model comes closest to the state-of-the-art results of HSLN-RNN at present. Research Limitations: The sequential features of move labels are not considered, which might be one of the reasons why HSLN-RNN has better performance. And our model is restricted to dealing with bio-medical English literature because we use dataset from PubMed which is a typical bio-medical database to fine-tune our model. Practical implications: The proposed model is better and simpler in identifying move structure in scientific abstracts, and is worthy for text classification experiments to capture contextual features of sentences. Originality: The study proposes a Masked Sentence Model based on BERT which takes account of the contextual features of the sentences in abstracts in a new way. And the performance of this classification model is significantly improved by rebuilding the input layer without changing the structure of neural networks.

  • 基于SECI模型的高校智库知识管理问题分析及路径选择

    分类: 图书馆学、情报学 >> 情报学 提交时间: 2018-10-19 合作期刊: 《智库理论与实践》

    摘要: 高校智库是智库的重要类型,是中国特色新型智库的重要组成部分,其建设发展对于国家治理体系与治理能力现代化建设具有重要意义。高校智库作为知识管理型研究机构,知识管理水平影响智库的发展,知识管理能力是智库竞争力的核心。针对高校智库目前“选择性管理”趋势明显、组织内生环境欠稳定、个体参与智库研究“冷漠化”以及智库研究成果“悬浮化”等问题,本文将知识管理理论中的SECI模型引入问题分析中,发现共同化阶段与表出化阶段知识转化率较低,联结化与内在化阶段尚未进行知识转化。应重塑共同化阶段与表出化阶段组织环境,通过加强知识体系整合、为培养者提供项目等推动联结化阶段与内在化阶段的知识积累、消化与吸收。

  • 国外智库研究人才组织与流动模式研究

    分类: 图书馆学、情报学 >> 情报学 提交时间: 2018-10-19 合作期刊: 《智库理论与实践》

    摘要: [目的/意义]智库的研究人才为智库提供了核心竞争力,研究人才的组织和流动模式对人才研究能力的发挥有重要影响。[方法 /过程] 本文从影响智库人才组织与流动形式的基本要素入手,得出3种不同的人才组织与流动模式。通过3种模式的代表性智库的案例分析,总结先进做法、国外智库建设经验,并得到相应启示。[结果/结论]智库应根据自身发展阶段等现实情况,选择或融合不同的人才组织与流动模式,从而保持智库的研究活力与能力。

  • 行业智库建设及其社会服务研究——以陶瓷行业智库为例

    分类: 图书馆学、情报学 >> 情报学 提交时间: 2018-10-19 合作期刊: 《智库理论与实践》

    摘要: [目的/意义]中国智库是我国新时期现代文明与社会进步必不可少的重要标志,也是新时期国家“软实力”和“话语权”的重要组成部分。研究与其相关的陶瓷行业智库个例,一定程度上能够对整个行业智库的建设和发展起到促进作用。[方法/过程]从陶瓷行业智库的基本概念和建设背景入手,对现存的陶瓷行业智库发展存在的问题进行剖析和思考,以陶瓷行业智库为例系统阐述如何构建新时代中国特色的行业型智库。[结果/结论]对构建陶瓷行业智库的经验进行了初步总结和探索,并就其智库建设的价值、意义和对社会服务的贡献提出深度思考,为中国行业智库的建设和发展提供了科学指南。