LongMan：一个哺乳类直系同源长链非编码RNA数据库

分类： 医学、药学 >> 基础医学 提交时间： 2017-12-27 合作期刊: 《南方医科大学学报》

李波波 吴剑 陈婧 陈浩 李永贺

摘要： 目的 计算并预测13 562个GENCODE项目首期鉴定的人类长链非编码RNA在16个哺乳动物的直系同源基因，并建立数据库LongMan，为长链非编码RNA研究提供重要数据。方法 使用RNAfold预测13 562个人类长链非编码RNA每个外显子的结构；使用Infernal对每个外显子进行基因组搜索，分析其在16个哺乳动物可能的同源外显子；分析每个人类长链非编码RNA是否有同源基因；分析同源长链非编码RNA中的转座子和剪切信号；构造数据库的搜索引擎和输出界面；实现数据库维护更新机制。 结果 LongMan目前收录133 646个直系同源长链非编码RNA；提供序列、比对、转座子和种系特异性插缺（indel）等信息；提供多条件组合查询；提供显示与下载功能。 结论 LongMan是首个大规模多种系同源长链非编码RNA数据库，对长链非编码RNA比较与功能研究具有重要价值。

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